Cripta di Padre Pio

Situata alla destra della Chiesa antica, la posa della prima pietra avvenne il 2 luglio 1956 e venne consacrata ai culti sacri il 1 luglio 1959. Dal 24 aprile 2008 al 23 settembre 2009 a San Giovanni Rotondo è stata esposta la salma di San Pio, per poi essere traslata il 19 aprile 2010 nella cripta della nuova Chiesa dedicata al Santo.